Nagatoro ist gerade im ersten Jahr der Oberschule, als sie eines Nachmittags einem schüchternen Schüler aus der Jahrgangsstufe über ihr begegnet. "Senpai" liebt Zeichnen und sieht sich gern als Held seiner eigenen Manga. Ein gefundenes Fressen für Nagatoro und ihre Clique. Während sich die Mädchen zunächst hemmungslos über Senpai lustig machen und er denkt, dass es nur das übliche Mobbing von Leuten sei, mit denen er sowieso nie mehr etwas zu tun haben wird, taucht Nagatoro tags darauf plötzlich bei ihm im Clubraum auf. Doch was steckt dahinter? Was will sie von ihm? Und warum scheint es irgendwie so, als wäre er der Einzige, den sie gerne nervt, und als würde es sie extrem stören, wenn noch jemand anders ihren Senpai ärgert?
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Im zweiten Band von "Neck mich nicht, Nagatoro-san" träumt sich Senpai in die Welt seines selbst gezeichneten Manga und lernt dort Kampfkatze Nekotoro kennen. Außerdem muss er sich in der Schulmensa gegen Nagatoros Freundinnen behaupten und wird in ein dubioses Spiel verwickelt, bevor Nagatoro ihm ein Ohrloch stechen will. Natürlich entstehen nebenbei auch wieder diverse neue Bilder im Kunstsaal und wir erfahren, ob Senpai tatsächlich so kitzlig ist wie Nagatoro vermutet.
Nagatoro ist zurück und beginnt ihren dritten Band damit, dass sie Senpais Arme zu dünn findet und deshalb gleich mal mit ihm trainieren will. Außerdem soll es Senpais Haaren an den Kragen ... oder vielmehr an den Wuschelkopf gehen und ein plötzlicher Platzregen führt zu einer Videospielsession bei Nagatoro daheim. Auch Süßigkeiten kommen diesmal nicht zu kurz und so macht Senpai unangenehme Bekanntschaft mit Anpan (mit Bohnenpaste gefülltes Weißbrot) und deutlich angenehmere mit Kakigori-Eis. Außerdem tauscht er mit Nagatoro endlich Nummern aus, woraufhin er direkt zu einem unverhofften Strandausflug überredet wird.